A volt Jugoszlávia területén elkövetett, a nemzetközi jogot súlyosan sértő cselekményekért felelős személyek megbüntetésére létrejött Nemzetközi Törvényszék (ICTY) az ENSZ szerve, amelyet 1993-ban hívtak életre. Az első vádiratot 1994-ben készítette a boszniai szerb Dragan Nikolics ellen, aki koncentrációs táborok parancsnoka volt. A törvényszék legszigorúbb büntetésként életfogytig tartó szabadságvesztést szabhat ki. A délszláv utódállamok sokáig vonakodtak az együttműködéstől. Sokan hazájukban a mai napig hősként ünneplik a vádlottakat. A nyugat-balkáni országok európai integrációjának egyik akadálya éppen a háborús bűnösök bújtatása volt. A vádlottak zöme egyébként nem ismeri el a Nemzetközi Törvényszék legitimitását és ártatlannak vallja magát.

Az ICTY összesen 161 ember ellen emelt vádat. A listán 94 szerb, 29 horvát, 9 albán, 9 bosnyák, 2 macedón és 2 montenegrói szerepelt. Közülük 81 főt elítéltek, 16 meghalt és 13 embert felmentettek. Jelenleg 18 fő tárgyalása zajlik. A 90-es évek balkáni háborús bűnösei közül eddig négyet ítéltek életfogytig tartó börtönbüntetésre.

A legmagasabb rangú vádlott Szlobodan Milosevics, volt szerb és jugoszláv elnök, 2001-ben került Hágába. Emberiség ellen elkövetett bűnökkel, háborús bűncselekményekkel és népirtással vádolták a koszovói, horvátországi és boszniai háború kapcsán. Ügyében ítélet nem született, mert 2006-ban szívelégtelenségben meghalt. Vádemelés készült horvát kollégája, Franjo Tudjman ellen is, de ő időközben meghalt.

A legkeresettebb háborús bűnösök a 2008-ban kuruzslóként leleplezett és Belgrádban elfogott volt boszniai szerb elnök, Radovan Karadzsics, valamint a boszniai szerb hadsereg parancsnoka, Ratko Mladics voltak. Mladicsot 2011. május 26-án tartóztatták le a szerb hatóságok a vajdasági Lazarevóban. Mindkettőjüket a bosnyák és horvát lakosság ellen elkövetett bűncselekményekkel, a szarajevói ostrom és a srebrenicai mészárlás elrendelésével vádolják. A szerb radikálisok ma is hősnek tekintik őket. Az utolsó szökésben lévő vádlottat, a horvátországi Krajinai Szerb Köztársaság volt elnökét, Goran Hadzsicsot 2011 júliusában fogták el a Vajdaságban. A legmagasabb rangú elítélt politikus Biljana Plavsics, aki Karadzsicsot követte a boszniai szerb elnöki székben. Az eljárás során bűnösnek vallotta magát, 11 évre ítélték több rendbeli népirtásban, gyilkosságban, politikai, faji és vallási alapú tisztogatásban, deportálásban való közreműködésért. Miután megbánást tanúsított, a kiszabott büntetés egy részét elengedték. 2009 októberében elhagyhatta svédországi börtönét. Önként jelentkezett Hágában a volt csetnikvezér, a Szerb Radikális Párt elnöke, Vojiszlav Seselj. Az eljárás során ártatlannak vallotta magát. A 2007-es szerbiai választásokon még mint a párt első embere indult, noha ekkor már Hágában tartották fogva. A tárgyalást különböző botrányok miatt többször fel kellett függeszteni, ítélet még nem született.

A politikusok mellett számos magas rangú katonatisztet is megvádoltak. 2001-ben Radovan Krsztics boszniai szerb tábornokot bűnösnek találták a srebrenicai népirtásban való bűnrészesség vádjában. Ezzel ő lett az első, genocídium miatt elítélt európai. A sokáig szökésben lévő horvát altábornagyot, Ante Gotovinát 2011-ben a bíróság 24 év börtönre ítélte. Nyolc vádpontból hétben találták bűnösnek. Ezek között volt a Vihar hadművelet során végrehajtott etnikai tisztogatás. Horvátországban sokan felháborodással, tüntetéssel fogadták az ítéletet. 

Horvát nacionalisták tiltakoznak a Nemzetközi Törvényszék ítélete ellen az Ante Gotovina perben

Kezdetben a honfitársak által elkövetett bűnök kivizsgálását lényegében mindegyik utódállam megpróbálta elszabotálni. Így az áldozatok és a túlélők csak Hágától várhattak igazságot. Mára a helyzet valamelyest javult. Több tucat pert bonyolítottak le Szerbiában, Horvátországban és Boszniában az utódállamok hatóságai. Ezek elsősorban a másodvonalbeli vezetők (koncentrációs táborok parancsnokai, különleges egységek irányítói, főhivatalnokok), valamint alacsonyrangú (kínzásokban, kivégzésekben részt vett) tettesek ellen folytak.