A holokauszt eltitkolását a nácik egészen a háború végéig komolyan vették. El akarták kerülni a szovjetek baklövéseit, akik az 1941-es pánikszerű visszavonulásuk során Katynban megölt lengyel tisztekkel teli gödröket, az NKVD baltikumi, lengyelországi és ukrajnai börtöneiben pedig holttestek tízezreit hagyták maguk után.

A nyomok eltüntetése a „1005-ös különleges akció” (Sonderaktion 1005) fedőnevet kapta. A művelet 1942-ben kezdődött Paul Blobel SS-Standartenführer (ezredes) vezetésével. Az alkoholista Blobel addig egy kivégzőosztagot (Einsatzkommando 4a) vezetett Ukrajnában. Rutinos gyilkos volt: 1941 szeptemberében két nap alatt 33771 kijevi zsidót lövetett agyon. Himmler helyettese, Reinhard Heydrich büntetésből most azzal bízta meg, hogy tüntesse el a tömegsírokat keleten. Az első kísérleteket 1942-ben a chelmnói megsemmisítő táborban végezték. Próbálkoztak robbanóanyaggal, majd áttértek a nyíltszíni égetésre. Végül az extrém hőséget is elviselő vasúti sínekből készítettek hatalmas rácsokat. Erre pakolták a hullákat és a fát, majd a benzinnel lelocsolt máglyát meggyújtották. Chelmno után Sobibor és Belzec következett. A csontmaradványokat egy betonkeverőre emlékeztető csontörlőgéppel zúzták össze.

Janowska, 1943. Sonderaktion 1005: zsidó munkások egy csontőrlőgéppel

A munkát zsidókkal végeztették: a foglyok legtöbbször puszta kézzel exhumálták a felbomlott testeket. Az ilyen különleges osztagokat (Sonderkommando 1005) egy-egy nagyobb akció után agyonlőttek. Mielőtt a krematóriumok felépültek, 1942 őszén Auschwitz-Birkenauban is kihantolták, majd elégették az elgázosítottak tetemeit. 1943-ban Treblinkában több hónapig tartott, mire a 7-800 ezer hullát markológépek segítségével kiemelték a tömegsírokból.  A nyomok eltüntetése szisztematikusan zajlott a megszállt keleten. 1943 nyarán a Lemberg (Lvov/Lviv) melletti Janowskában, novemberben a Lublin melletti majdaneki táborban, 1944-ben a Krakkó közelében lévő Plaszowban alakítottak zsidókból Sonderkommandókat. Miután a hullákat eltüntették, 1943-ban Himmler parancsára módszeresen felszámolták Belzecet, Sobibort és Treblinkát. Az épületeket lerombolták, az egykori sírokat feltöltötték, helyükre fákat ültettek. A táborparancsnokokat, SS-tiszteket és a legénységet Olaszországba küldték, ahol a partizánok elleni harcban jelentős részük elesett.

A gondos előkészületek ellenére 1944. július 22-én éjjel a majdaneki tábor lényegében érintetlenül került a Vörös Hadsereg kezére – gázkamrástól, krematóriumostól.

Mindez három nappal azután történt, hogy a helyettes náci sajtófőnök, Sündermann nemzetközi sajtótájékoztatón cáfolta a zsidók kiirtását Auschwitzban ezért gondosan felkészültek a bizonyítékok eltüntetésére. 1944 novemberében a gázosítások leálltak. A gázkamrákat és a kemencéket leszerelték, a szerelvényeket, alkatrészeket elszállították. November végén likvidálták a halottakat égető zsidó Sonderkommando nagy részét. Emberek helyett immár főleg iratokat égettek. A krematóriumokat közvetlenül az oroszok érkezése előtt, 1945 januárjában felrobbantották. 1945 tavaszán a felgyorsuló katonai összeomlás azonban meghiúsította a nyomok eltüntetését. Hitler még elrendelte, hogy egyetlen fogoly sem kerülhet élve a szövetségesek kezébe, de az SS ekkor már inkább a meneküléssel törődött.