1941 szeptembere és októbere a Birodalom zsidóságának gyászos időszak volt. Kötelezővé tették a sárga csillagot, betiltották a kivándorlást és tízezrével kezdték deportálni a cseh, osztrák, német zsidókat. A vonatok főleg Rigába, Minszkbe, Lódzba, Vilniuszba tartottak. Az utasok többségét hónapokon belül megölték. A holokauszttagadók szerint persze más történt. Ezzel az állítással két céljuk van. Egyrészt meg akarják szakítani az események logikai láncát, amely a kivándorlás beszüntetését, a Birodalom zsidótlanítását, és a keletre vitt emberek legyilkolását összeköti. Ennek hátterében ugyanis csak a legmagasabb szinten kiadott hitleri parancs állhat. Másrészt: próbálják megakadályozni, hogy a keleti, bolsevik- és partizángyanús zsidók nehezen tagadható - és részben még általuk is elfogadott - megölése összekapcsolódjon az asszimilált birodalmi polgárok kiirtásával. Ha ugyanis ez a kötés létrejön, akkor a regionális keleti túlkapások, büntetőakciók helyett máris fél Európára kiterjedő népirtással állunk szemben. Olyannal, amely a francia, svájci és magyar határtól Moszkva és Leningrád elővárosáig, Ázsia kaukázusi kapujáig zajlott. Egy kontinentális dimenziójú eseménysorozat pedig nem történhetett Hitler tudta, és akarata ellenére.

A németországi zsidók érkezése tovább rontotta helyi hitsorsosaik helyzetét. Mivel a jövevényeknek hely kellett, az Einsatzgruppen távozása után felállított gettókban újabb kivégzések kezdődtek. Rigában 25 ezer embert lőttek le. Még az első beérkező német transzportot is kivégezték. Lohse ekkoriban kapta meg egyik beosztottja, a belorussziai Generalkomissar, Wilhelm Kube levelét, aki szerint „halálos sebesülteket élve eltemetni elsőrendű ocsmányság. Ezt az esetet jelenteni kéne a Führernek és a Reichsmarsallnak (Göring).” Kube december 16-án már a Minszkbe érkező német zsidókról írt. Tiszták, a helyieknél ötször jobban dolgoznak. Voltak köztük Vaskereszttel kitüntetett első világháborús veteránok, háromnegyed árják mégis „valószínűleg meg fognak fagyni, vagy éhen halnak”.

Minszk, 1941: zsidó családok csomagokkal (BA)

Sorsuk még a náci vezetőt is megrázta: „Én bizonyosan kemény ember vagyok, és hajlandó vagyok segíteni a zsidókérdés megoldásában, de ezek az emberek a mi kulturális közegünkből valók és mégsem olyanok, mint az itteni állati hordák”. Kube nem volt képes parancsot adni a lemészárlásukra: „Könyörgöm, adj világos utasítást az ügyben, hogy a szükséges műveletet a mi Reichünk és pártunk jó hírnevére tekintettel, a lehető leghumánusabb módon végezzék el”.

Minszki, 1941: megalázott zsidók a gettóban (HRS)

7 hónappal később a mészárlás már nemcsak az SS-nek, de a hivatalnokok számára is rutinná vált. 1942. július 31-én Kube azt kérte, ne küldjenek több német zsidót, mert a helyi SD parancsnokkal egyetértésben „likvidálnunk kell valamennyi zsidó transzportot, amelyet nem jelentettek, nem egyeztettek velünk..hogy megelőzzük a további zavarokat”.

Minszk: Zenner SS-tábornok, Lohse Reichskommissar és Kube Generalkommissar (BA)

Egyúttal tájékoztatta Lohsét, hogy az SS-el együtt „az elmúlt 10 hétben 55 000 zsidót likvidáltunk Belorussziában. A minszki kerület területén a zsidóságot teljesen felszámoltuk…Minszk városában mintegy 10 000 zsidót likvidáltak július 28-29-én. Közülük 6500 orosz – főleg idős ember, asszony és gyerek – a többiek olyan munkaképtelenek, akiket tavaly novemberben küldtek Minszkbe a Führer parancsára, főleg Bécsből, Brünnből, Brémából és Berlinből.”

Minszk, 1941-1942: megölt német zsidók csomagjai

A keletre szállított osztrák, cseh és német zsidók sorsa sem különbözött a lett, litván, belorusz, ukrán és orosz hitsorsosaikétól. Hosszabb ideig készültek rá, egyes nácik nehezebben szánták rá magukat, de őket is megölték.