A horvát szélsőségesek a náci invázió kellős közepén, 1941. április 10-én deklarálták a Független Horvát Állam (Nezavisna Država Hrvatska – NDH) megalakulását. Valójában az usztasa állam Németország és Olaszország kettős ellenőrzése alatt állt. A dalmát tengerpart olasz megszállás alá került, cserében viszont Bosznia-Hercegovinát Horvátországhoz csatolták és ezzel a nagyhorvát nacionalizmus régi álma vált valóra.

A horvát politikai vezetés Ante Pavelics kezébe került. A politikai pártokat az Usztasa kivételével feloszlatták, vezetőiket letartóztatták. Pavelics lett a poglavnik (szó szerint: legfőbb vezető), így egy személyben irányította a pártot és az államot. A rezsim maradéktalanul kiszolgálta a megszállókat. Csatlakozott a háromhatalmi egyezményhez és 1941 decemberében hadat üzent az Egyesült Államoknak és Nagy Britanniának. Az usztasák a történelmi hagyományok felélesztésével akarták stabilizálni uralmukat, ezért visszaállították a királyságot. A trónra egy olasz herceg került, aki a 10. századi horvát uralkodó nyomán felvette a II. Tomiszláv nevet. Uralkodása azonban csak névleges volt, mindössze egyszer látogatott el Horvátországba.

Az usztasa Horvátország népessége etnikai és vallási szempontból rendkívül vegyes képet mutatott. 6,3 millió lakosának több mint fele, 3,3 millió horvát volt. A legnagyobb kisebbséget az 1,9 milliós szerbség alkotta, de mintegy 700 ezer boszniai muszlim, 150 ezer német, 40-45 ezer zsidó, és 30 ezer roma is itt élt. Ezt a helyzetet az etnikai homogenizációra törekvő usztasák erőszakos eszközökkel akarták megváltoztatni. Mile Budak usztasa oktatási miniszter 1941-ben azt mondta, hogy a „kisebbségek számára van három millió golyónk”. A térség legbrutálisabb uralmát vezették be. Az állami kisebbség- és népesedéspolitika legfontosabb eszköze az etnikai tisztogatás, a terror és népirtás lett. Legrosszabbul a szerbek jártak. Róluk azt tartották, hogy jelentős részük csak ortodox hitre áttért horvát. Az usztasák a katolikus egyház segítségével megkezdték a szerb ortodoxok kényszerű átkeresztelését. Aki ellenállt, azt megölték. A szerb értelmiség tagjaitól gyakran még az átkeresztelkedés lehetőségét is megtagadták, és azonnal meggyilkolták őket.

Erőszakos keresztelések

Ezzel párhuzamosan beindult az etnikai tisztogatás is: a szerb falvakat felégették, a lakosokat kifosztották, megölték, vagy Szerbiába űzték. A mészárlás még a nácikat is megdöbbentette. Egy 1942-es Gestapo-riport így fogalmazott: „Az Usztasa bestiális tetteket követ el nem csak a katonakorú férfiak, de különösen a védtelen öregek, nők és gyermekek ellen.” Becslések szerint 1941 és 1945 között az usztasák mintegy 300 ezer szerbet megöltek, 200-250 ezret erőszakosan katolikus hitre térítettek, további 120-180 ezret elűztek, vagy deportáltak.

Az országban élő muszlimokat elsősorban vallási alapon üldözték, a rezsim eltökélt szándéka volt, hogy katolikus hitre téríti ezt az egyébként horvátnak tekintett csoportot. A muszlim áldozatok számáról nincs megbízható adatunk. A főleg muzulmán hitű roma áldozatok számának meghatározása még problematikusabb mivel nem rendelkezünk megfelelő adatokkal arról, hogy hányan éltek Horvátország és Bosznia-Hercegovina területén a háború előtt. Becslések szerint az usztasa uralom alatt mintegy 27-28 ezer cigányt öltek meg.

A zsidókérdést a német nácik mellett az usztasák kezelték a legradikálisabban. 1941 tavaszán és nyarán zsidók és romák elleni faji törvényeket vezettek be. Néhány hónap alatt kizárták a zsidókat a legtöbb szabadfoglalkozású szakmából és az állami szolgálatból, majd vagyonukat árjásították. Ezt követően koncentrációs táborokba szállították őket, ahol vagy az éhségtől és betegségektől pusztultak el, vagy a legbrutálisabb módon végeztek velük. Az usztasa államban mintegy 20-25 ezer zsidót öltek meg. Nem kímélték az asszonyokat és a gyermekeket sem. 1942-től további 7-10 ezer zsidót deportáltak Auschwitzba. Az akció során a đakovoi, tenjei, és loborgradi lágerek tranzittáborként szolgáltak. A horvát kormány minden deportáltért 30 márka „ellátási költséget” fizetett a németeknek. Azok a zsidók maradtak életben, akik a kommunista partizánokhoz szöktek, vagy az olasz zónába menekültek. A fasiszta olasz hadsereg a nácik és az usztasák ismételt kérésére sem adta ki a szökött zsidókat és nem üldözte őket.