A nácik által megszállt Európa egyik legnagyobb és legsikeresebb ellenállási mozgalmát a jugoszláv kommunisták hozták létre. A sztálini megtorlások és tisztogatások, valamint a folyamatos üldöztetés miatt a kommunisták nem rendelkeztek széles tömegbázissal. Bár Jugoszlávia összeomlása után meghirdették az ellenállást, az érdemben csak a Szovjetunió elleni 1941. június 22-i német támadás után kezdődött. Addig ugyanis Hitler és Sztálin szövetségesek voltak.

A partizánok élére horvát születésű, többször bebörtönzött Josip Broz Tito került, aki már évek óta a Jugoszláv Kommunista Párt vezetője volt. Bár fegyvereik alig voltak, Titoék között számos spanyolországi veterán volt. Ők évekig küzdöttek az olasz fasiszták és a német nácik ellen és jelentős harci tapasztalattal rendelkeztek. A csetnikekkel ellentétben a kommunisták olyan célokat követtek, amelyek etnikai és vallási különbség nélkül potenciálisan az ország valamennyi polgára számára vonzóak lehettek. Egységet és testvériséget, a megszállók elleni antifasiszta küzdelmet, a függetlenség visszaszerzését, a délszláv nemzetek egyenjogúságára épülő jugoszláv föderalizmust, földreformot és szocializmust ígértek. Nem véletlen, hogy a partizánok soraiban valamennyi etnikum ott harcolt. Tito szerint a partizánok majdnem fele szerb, harmada horvát, tizede szlovén volt. Boszniában minden negyedik harcosuk a muzulmánok, Horvátországban pedig a szerbek közül került ki. Boszniában és Szerbiában a szerbek, Macedóniában a macedónok, Montenegróban a helyiek és a szerbek dominálták, de az egységekben többnyire valamennyi etnikum képviseltette magát. Felállítottak egy magyar zászlóaljat és szívesen befogadták a németeket is. A partizánsereg nem volt antiszemita, körülbelül 4500 zsidónak adott menedéket. Tito erői 1941-ben 50-60 ezren, 1943-ban már 300 ezren, 1945-ben 800 ezren voltak.

Stevo Filipovics partizán harcos a kivégzése előtt: 

"Halál a fasizmusra, szabadságot a népnek!"

A Balkánon már sokszor jól bevált gerillataktikát követték. Rajtaütésszerűen támadták meg a megszálló német és olasz csapatok gyengén védett állásait valamint a kisebb, elszigetelt alakulatokat. Gyakran lerohanták a kollaboráns szerb vagy usztasa hatóságok egységeit. Szabotázsakciókat hajtottak végre, vonatokat robbantottak. Gyenge felszereltségük miatt igyekeztek elkerülni a frontális harcot.

Partizán harcosok Kninnél

1941-ben már jelentős területeket tartottak ellenőrzésük alatt Szerbiában. A németek és szövetségeseik összesen hét nagyobb, és számos kisebb offenzívát indítottak ellenük. 1943-ban a neretvai és a sutjeskai csatában több alkalommal kerültek a megsemmisülés szélére, de a boszniai és montenegrói hegyekbe visszahúzódva kitörtek a bekerítésből. Támadásaikra a nácik brutális megtorlásokkal válaszoltak. Tito fejére Hitler vérdíjat tűzött ki és német kommandók többször megpróbálták megölni.

Az 1942-es bihaći és 1943-as jajcei ülésszakon az AVNOJ (Jugoszláv Népfelszabadító Antifasiszta Tanács) lefektette a háború utáni ország berendezésének föderatív alapjait. Bár kommunisták voltak, 1943-tól a csetnikek helyett fokozatosan elnyerték a britek katonai támogatását is. Tito Sztálin mellett még az elkötelezetten antikommunista Churchillel is személyesen tárgyalt. Időközben a németek is mind nehezebben találtak maguknak együttműködésre hajlandó helyi csoportokat.

Az AVNOJ első ülése. Felirat: Halál a fasizmusra, szabadságot a népnek

A megszállt Európa egyik legerősebb ellenállási mozgalmaként 1944-ben sikerült kiverni a német csapatokat Szerbiából és Montenegróból, majd 1945-re egész Jugoszláviából. Bár 1944-től szovjet és bolgár csapatok is harcoltak itt a nácik ellen, Titoék lényegében magukat szabadították fel, ami hatalmas tekintélyt és győztes pozíciót biztosított Jugoszláviának. Még az olaszországi Triesztet is sikerült bevenniük, bár onnan 1945 júniusában visszavonultak.