1989-1990-ben a jugoszláv tagköztársaságokban felbomlott az egypártrendszer. Új pártok és mozgalmak alakultak. A központi cenzúra megszűnőben volt. Az új lapok és folyóiratok korábban tiltott és üldözött nézeteket hirdettek, tabutémákat feszegettek. Az aktuálpolitikát és közéletet átitatta a nacionalizmus. A régmúlt szenvedéseit és dicsőséget emlegették, a szomszédok történelmi bűneit hánytorgatták. A szerb televízió az usztasa népirtással foglalkozott. A horvátok a csetnikek és a partizánok rémtetteit, a szlovének a szerb elnyomást kárhoztatták. Boszniában és Koszovóban sokan fordultak nyíltan az iszlám tradíció felé.

A Milan Kucsan vezette szlovén kommunisták a jugoszlávizmus helyett mindinkább a nemzeti függetlenedés felé indultak. Az újonnan alakult ellenzéki pártokból 1989-ben összeállt Szlovén Demokratikus Oppozíció (DEMOS) is, amely szintén a nemzeti, politikai és gazdasági önállóság mellett állt ki. Jugoszláviában elsőként itt tartottak szabad választásokat, amelyet 1990 áprilisában a DEMOS nyert meg. A tagköztársaságot Kucsan képviselte a jugoszláv elnökségben.

Horvátországban 1989 folyamán kezdtek létrejönni az új pártok és szervezetek. A horvát nacionalizmust a milosevicsi szerb politika is erősítette. A több, erősen nemzeti orientációjú párt közül kiemelkedett a Horvát Demokratikus Közösség (HDZ). melynek élén Franjo Tudjman állt. Az egykori partizán, későbbi tábornok és történész meggyőződéses nacionalista volt. Nézetei miatt Tito alatt börtönbe került. A HDZ választási kampányát Tudjman a független, Nagy-Horvátország eszméjére építette. Gyakran beszélt a horvátság etnikai határairól, a tradicionális katolikus értékrend fontosságáról. Egy 1990 februári beszédében azt mondta, hogy az usztasa állam is “a horvát nép történelmi vágyainak kifejeződése volt”. Az 1990 áprilisában tartott választást a HDZ ezzel a retorikával nagy fölénnyel, 69 százalékos eredménnyel nyerte meg. Az új horvát parlament a HDZ vezetőjét, Tudjmant választotta a horvát tagköztársaság elnökévé. Az új elnök és pártja egy etnikailag egységes Horvátország irányába indult el. Több provokatív lépés követte egymást. A zászlón lévő jugoszláv csillagot a régi vörös-fehér sakktáblás szimbólumra cserélték. Ezt azonban utoljára Pavelics usztasái használták. A szerb származású rendőrök viszont nem voltak hajlandók viselni az új címert. Hamarosan megváltoztatták az alkotmányt. Az új szöveg a horvátországi szerbeket államalkotó kisebbség helyett már csak nemzeti kisebbségnek nevezte. Mindez előre kalkulálhatóan kiváltotta a horvátországi Krajinában élő szerb kisebbség felháborodását. Többségük nem akart nyílt konfliktust Zágrábbal, de a helyi szélsőségeseket Milosevics támogatta Belgrádból. 1991 elején megkezdődött a szerbek eltávolítása a rendőrségből, az oktatásból és az állami közszolgálatból.

Az etnikailag nagyon vegyes Bosznia-Hercegovinában 1990-ben indult a pártosodás folyamata. Az új szervezetek azonban nem ideológiai, hanem nemzeti és vallási alapon jöttek létre. A helyi szerbek és horvátok erősen kötődtek Belgrádhoz és Zágrábhoz. A boszniai muzulmánok leginkább a korábban már iszlám agitáció miatt bebörtönzött Alija Izetbegovics vezette Demokratikus Akciópártot (SDA) támogatták.

Szerbiában az új pártok többsége nacionalista szlogeneket hangoztatott. Nyíltan emlegették Nagy-Szerbia visszaállításának szükségességét, bejelentették igényüket Montenegróra, Boszniára és Horvátország jó részére. Vuk Draskovics és az új csetnikvajda, Vojiszlav Seselj megalapította az antikommunista Szerb Megújulás Mozgalmát. Később Seselj ebből kiválva hozta létre a Szerb Radikális Pártot. Mindketten a szerb nép pusztulásával riogattak és a bajokért a bolsevizmust okolták. A növekvő szegénység és munkanélküliség a szerbek többségét a szélsőségesek felé fordította.

1990-ben Szlovénia és Horvátország elindult a függetlenedés felé. Kezdetben persze nem volt szó teljes kiválásról. Mindkét tagköztársaság egy laza jugoszláv konföderációban látta a jövőt. Izetbegovics muzulmán vezetés alatt akarta egyben akarta tartani Bosznia-Hercegovinát, ez azonban elfogadhatatlan volt a helyi horvátok és szerbek számára. Milosevics egy szerb dominanciájú, központosított Jugoszláviát akart, melyben önálló státuszt kaptak volna a Horvátországban és Boszniában élő szerb közösségek. 1991-ben Milosevics már nyíltan erőszakkal fenyegette az államszövetséget elhagyni kívánó népeket: “Mindig az erősek azok, akik a jövendő határokat diktálják, sosem a gyengék. Nekünk ezért kell erősnek lennünk”. Nacionalista ellenfele, Vuk Draskovics azt követelte, hogy Belgrád védje meg a horvátországi szerbeket és büntesse meg azokat, akik szerbeket “fenyegetnek, lerombolják házaikat, kivándorlásra kényszerítik őket”. Jugoszlávia már csak papíron létezett. A második polgárháború a küszöbön állt.