1999 elején az UCK szerb katonákat ejtett fogságba. Rosszul bántak velük, de a nemzetközi nyomásnak engedve szabadon bocsátották őket. Válaszként a szerbek Račak közelében 45 albánt lemészároltak.

Lemészárolt áldozatok Koszovóban

A felek nyugati nyomásra 1999. február 6-án Rambouillet-ban tartott békekonferencián próbálták megoldani a koszovói kérdést. A béketerv szerint a tartományt a NATO ellenőrzése alá kellett volna vonni, majd három év múlva további sorsáról egy népszavazás döntött volna. Ez Milosevics számára, akinek itt indult politikai karrierje, elfogadhatatlan volt. Belgrád 40 ezer fegyverest vont össze és az etnikai tisztogatással kombinált háború folytatódott.

A NATO a srebrenicai és vukovári mészárlás megismétlődésétől tartott, és ezúttal nem tétovázott. Preventív céllal a katonai beavatkozás mellett döntött. A légicsapásról szóló döntés igen ellentmondásos volt. Nem övezte nagyhatalmi konszenzus, és formálisan nem volt összhangban a nemzetközi jog normáival sem. Jugoszlávia bombázása 1999. március 24-én indult és 78 napig tartott. Katonai célpontokra, hidakra, repülőterekre, ipari létesítményekre, kommunikációs központokra hullottak a bombák. Támadás érte a belgrádi televíziót, és a magyar határhoz közeli Újvidéket is támadták. A szerb légvédelem lelőtt egy amerikai Lopakodót.

Szerbia NATO bombázása

Az etnikai tisztogatás azonban folytatódott. Milosevics kész helyzetet akart teremteni. A légitámadások alatt újabb 800 ezer albánt űztek el lakhelyéről. Többségük a szomszédos Albánia és Macedónia felé menekült, ahol sebtében felállított menekülttáborokba kerültek.

Koszovói albán menekülttábor Stenkovecnél

A szerb hatóságok útleveleiket, igazolványaikat elvették, így lényegében hontalanná váltak. Távozásuk után lezárták mögöttük a határt. Az UCK ellenállt. A harcok közben mindkét fél részéről több vérengzésre került sor. Márciusban a szerbek 130 embert öltek meg Izbicában. Bár az áldozatok többsége albán civil volt, ugyanakkor a Szerbia más részén élő albánokat nem érte támadás.

Tömegmészárlás áldozatai Izbicában,

Drenica régióban

1999 nyarán Milosevics a NATO bombázások hatására kénytelen volt visszavonni erőit a tartományból. 1999. június 10-én az ENSZ Biztonsági Tanácsának 1244. számú határozata alapján Koszovó ENSZ védnökség alá került. A rend fenntartása érdekében 47 ezer fős nemzetközi haderő érkezett (KFOR – Kosovo Protection Force). Amikor az albán menekültek visszatértek Koszovóba.  sok helyen rátámadtak a szerbekre. Néhány hónapon belül több száz szerbet és romát öltek meg. Megfordultak a szerepek, és hamarosan 150-200 ezer szerb menekült el a tartományból Szerbiába.

1998 és 1999 folyamán a becslések szerint 10-12 ezer ember halt meg Koszovóban. Többségük albán volt. A szerbek is súlyos veszteségeket szenvedtek: a NATO légicsapásaiban mintegy 1000 ember, köztük 114 rendőr és 462 katona halt meg. A menekültek száma elérte az egymilliót. 2008. február 17-én a Koszovó kikiáltotta függetlenségét és elszakadt Szerbiától.