A háború és a népirtás egyik módszere a tömeges nemi erőszak. Ilyen esetben nem a szexualitáson van a hangsúly, hanem a másik nem, osztály, vagy csoport felett gyakorolt hatalmon és az ellenük elkövetett erőszakon. A nemi erőszak is vezethet halálhoz, testi és lelki sérülésekhez, tömeges meneküléshez. A Nemzetközi Törvényszék a bosnyák nőkön elkövetett erőszakkal kapcsolatban megállapította, hogy az az etnikai tisztogatás egyik eszköze volt.

A boszniai háború idején valamennyi harcoló fél követett el nemi erőszakot az ellenséges etnikumokhoz tartozó nők ellen. A szerb erők szisztematikusan erőszakolták meg a bosnyák nőket. Gyakran a nyílt utcán, családtagok szeme láttára teperték le őket, bevett gyakorlat volt a csoportos nemi erőszak. A cél a tradicionális muzulmán családi keretek felbomlasztása, illetve sokszor a teherbe ejtés volt. 1992 és 1995 között több táborban, katonai bordélyházban azért tartották fogva a nőket, hogy miután megerőszakolták őket, azok “szerb gyerekeket” szüljenek.

A táborokból kiszabadult terhes nőket viszont gyakran saját közösségük sem fogadta vissza. Az áldozatok között gyakran 14-15 éves, sokszor még szűz lányok is voltak. Az ilyen szervezett akciók gyakran a szerb hatóságok tudtával zajlottak. A legtöbb szexuális erőszakra Kelet-Boszniában került sor, különösen a fočai mészárlás idején, valamint Szarajevó Grbavica negyedében, a város ostroma idején. A Nemzetközi Vöröskereszt és a bosnyák kormány adatai szerint mintegy 20-50 ezer muszlim és katolikus nőt erőszakoltak meg a háború során.