A horvát nacionalisták körében két elképzelés létezett Bosznia jövőéről. A horvát vezetők abban az esetben támogatták egy önálló Bosznia létrehozását, ha az föderalizálódik, és biztosítja a helyi horvátok kollektív jogait. A másik, nagyhorvát elképzelés szerint, mellyel időnként Tudjman horvát elnök is szimpatizált, Bosznia megszűnne létezni, és a horvátok lakta hercegovinai területeket az anyaállamhoz csatolnák.

A polgárháború kitörése után a horvátok és bosnyákok kezdetben együtt próbálták feltartóztatni a szerb offenzívát. Karadzsicsék sikereit látva viszont úgy érezték: Bosznia már megszűnt létezni, ha részesedni akarnak belőle, akkor lépniük kell. 1992. július 5-én a boszniai horvátok vezetője, Mate Boban kikiáltotta a Herceg-Bosznai Horvát Köztársaságot. A legyengült Izetbegovics hiába tiltakozott, Boban helyette inkább a szerbekkel akart megegyezni Bosznia felosztásáról. A horvátok a két ellenség közül a bosnyákokat vélték gyengébbnek, így először tőlük akartak területeket megszerezni. Őszre a nézeteltérések háborúhoz vezettek és a szerbek után, a horvát szeparatisták is rátámadtak a bosnyákokra. A lerohant területeken a horvátok is etnikai tisztogatásba kezdtek, amelyre a bosnyákokis hasonló módon reagáltak. A harcok több mint egy évig tartottak és több ezer halottat követeltek. Az igazi vesztes a civil lakosság lett, a legtöbb hasznot pedig a szerbek húzták.

A konfliktus legvéresebb fejezetei Mostarban íródtak, mivel Boban ezt a települést választotta szeparatista miniállama leendő fővárosának. A Herceg-Bosznai Horvát Köztársaság kikiáltásával Mostar kétfelé szakadt.  

Mostar

A nyugati részét a horvát erők felügyelték, a keletit a bosnyák hadsereg. 1993. május 9-én a horvát erők nehéztüzérséggel kezdték támadni a várost. A megszállt nyugati oldalon elűzték a bosnyákokat, sokukat etnikai tisztogatás során ölték meg, vagy táborokba szálLították. Novemberében felrobbantották a 427 éves Öreg Hidat. Ezt ugyan katonai okokkal magyarázták, de a nemzetközi megfigyelők szerint az akció valójában a muzulmán kulturális örökség tönkretételére irányult.

A mostari öreg híd felrobbantása

1994 tavaszán végül a horvát-bosnyák különháború amerikai közvetítéssel befejeződött. A felek horvát-bosnyák föderáció felállításáról döntöttek és közösen fordultak a szerbek ellen.