Bosznia-Hercegovina volt Jugoszlávia etnikailag és vallásilag legvegyesebb tagköztársasága. A 4,5 millió lakos 44 százaléka muszlim bosnyák volt, 31 százaléka szerb, 17 százaléka horvát. A lakosság 8 százaléka jugoszlávnak vallotta magát. Közülük a legtöbben a multietnikus fővárosban, Szarajevóban éltek. Jugoszlávia egyéb területeihez képest Boszniában erős hagyományai voltak a vallások és etnikumok békés együttélésének. Ezt a vegyesházasságok magas aránya is jól jelezte. Mégis itt került sor a jugoszláv polgárháború legvéresebb és leghosszabb konfliktusára. Az 1992 áprilisa és 1995 novembere között zajló harcoknak több mint 100 ezer, többségében civil áldozata volt. Mintegy 2,5 millió ember vesztette el otthonát és vált menekültté.

Jugoszlávia felbomlásának időszakában Bosznia-Hercegovina sokáig nyugodt régió maradt. Az első szabad választásokat 1990 novemberében tartották. Az erősödő nacionalizmust jelezte, hogy a választók zöme nem ideológiai, hanem etnikai alapon szavazott. A boszniai horvátok Franjo Tudjman nacionalista pártjára a HDZ-re, a szerbek a Radovan Karadzsics vezette Szerb Demokrata Pártra (SDS) szavaztak. A lakosság majdnem felét kitevő muzulmánok leginkább az SDA-t, a Demokratikus Akciópártot támogatták. Így ennek vezetője, a kommunizmus alatt iszlám nacionalizmus miatt bebörtönzött Alija Izetbegovics lett a tagköztársaság első szabadon választott elnöke.

A különböző etnikai csoportok vezetőinek eltérő elképzelése volt Bosznia jövőjéről. Miután Horvátország és Szlovénia 1991 nyarán kilépett Jugoszláviából, Izetbegovics sem akart többé a szerb dominanciájú államszövetségben maradni. Független, de egységes Boszniát akart muzulmán vezetés alatt. Ez azonban elfogadhatatlan volt a két keresztény etnikum vezetői számára. Karadzsics és a horvát Mate Boban szerint bosnyák nép nem létezett, csak olyan egykori szerbek és horvátok, akik a török uralom alatt áttértek a muzulmán hitre. Iszlám dominanciából pedig egyikük sem kért. Ehelyett Belgrádhoz, illetve Zágrábhoz akartak volna csatlakozni. A boszniai háború kitörésében nagy szerepe volt a nagyszerb és nagyhorvát nacionalizmusnak. Hiába voltak köztük óriási ellentétek más kérdésekben Milosevics és Tudjman között. 1991 tavaszán - még a jugoszláv polgárháború kirobbanása előtt - tartott titkos találkozójukon egyszerűen felosztották egymás között Boszniát.

1991 őszén a boszniai parlament szerb tiltakozás ellenére nyilatkozatba foglalta a függetlenedési szándékát. Karadzsicsék válaszul a horvátországi Krajinában már bevált modellt követték. Szerb nemzetgyűlést hívtak össze, autonóm kerületeket, amelynek szerb lakossága népszavazáson voksolt Jugoszlávia mellett. 1992 januárjában kikiáltották a Bosznia-Hercegovinai Szerb Köztársaságot. Tudjman sugallatára Mate Boban horvát szakadár miniállamot alapított (Herceg-Bosznai Horvát Köztársaság). A hangnem már nagyon eldurvult. Karadzsics a muzulmánok megsemmisüléséhez vezető háborúval fenyegetőzött. Szlobodan Milosevics szerb elnök Belgrádból támogatta. Amikor Bosznia jövőjéről népszavazást tartottak, a szerbek bojkottálták az eseményt. Országszerte úttorlaszokat emeltek és hadsereget szerveztek. Így a Jugoszláviától való elszakadás 98 százalékos többséget kapott és 1992. március 5-én Izetbegovics deklarálta Bosznia-Hercegovina függetlenségét. Csakhogy az ország de facto már három részre szakadt.