A horvát függetlenségi háborúban a szembenálló felek gyakran megsértették a nemzetközi jogot és a hadviselés szabályait. A hadifoglyokat kivégezték, bántalmazták. Nem voltak tekintettel a civil lakosság biztonságára, romboltak, fosztogattak. Mindkét oldal arra törekedett, hogy az ellenőrzése alatt álló területeket etnikailag homogenizálja. Ennek során egyaránt alkalmazták az etnikai tisztogatásokat jellemző módszereket: városokat, falvakat romboltak le, védtelen civileket gyilkoltak és űztek el tömegesen. Az adatok szerint az ilyen bűncselekmények többségét a szerbek, különös tekintettel a paramilitáris egységek követték el.

A horvát lakosság elűzése Vukovarról

Az első mészárlás 1991. augusztus elején, a kelet-szlavóniai Dalj faluban történt. Az Arkan vezette Tigrisek és helyi fegyveresek 11 horvát civilt hurcoltak el és lőttek agyon, majd kivégeztek 28 horvát rendőrt. A hullákat a Dunába dobták. Októberben a krajinai szerb és jugoszláv katonák elfoglalták Lovast. Tucatnyi helyi lakost kivégeztek, nőket erőszakoltak meg. Mintegy 50 civilt hajtottak az aknamezőre, majd tüzet nyitottak rájuk. Az áldozatok nagy része idős ember volt. Arkanék a közeli Erdutban (Erdőd) rendezték be központjukat, ahol rémuralmat vezettek be. November 9-én 12 magyar és horvát civilt végeztek ki. Néhány nap múlva kihallgattak 5 embert, majd megkínozták és megölték őket. Karácsonykor és 1992 februárjában újabb civileket gyilkoltak. Nyáron megölték az 55 éves Szénási Máriát, mert túl sokat kérdezősködött eltűnt rokonairól.

A Krajinában az első etnikai tisztogatásra a Knin melletti Kijevóban került sor. A homogén horvát falut a JNH 1991 augusztusában bekerítette, majd Ratko Mladics ezredes irányítása alatt bombázni kezdte. A lakókat elűzték, házaikat lerombolták. A horvát többségű Saborskónak 1700, többségében horvát lakója volt. Októberben a szerb szélsőségesek 29 békés horvát parasztot megöltek, a többieket elkergették. A katolikus templomot felrobbantották, a házakat kifosztották. Ugyanezekben a napokban egy horvát belügyi alakulat a Gospić környéki falvakat tisztította meg a szerbektől. Több tucat civilt - köztük nőket is - teherautókra ültettek, majd tömegsírokba lőtték őket. A kórház és a posta vezetőjét is kivégezték. A horvát gyilkosok azt a parancsot kapták, hogy csökkentsék a szerbek számát.

Gospicsban lemészárolt szerb áldozatok

A horvát-szerb háború legnagyobb etnikai tisztogatására 1995-ben került sor, amikor a horvát hadsereg a Vihar hadművelet keretében lerohanta a Krajinai Szerb Köztársaságot. A háborús bűnösként elítélt Ante Gotovina tábornok csapatai a jelentések szerint 112 civilt kivégeztek és módszeresen elűzték a szerb lakosságot. Összesen 150-200 ezer krajinai szerb menekült Boszniába.