Horvátország Szlovéniával egy napon, 1991. június 25-én kiáltotta ki függetlenségét. A bejelentést nem követte hadüzenet. A következő napokban a Belgrádból irányított Jugoszláv Néphadsereg erejét a tíznapos szlovén háború kötötte le.

A 600 ezer horvátországi szerb a megelőző hónapokban lényegében teljes függetlenségre tett szert. Úgynevezett Szerb Autonóm Kerületeket hoztak létre, melyekből kiűzték a horvát hatóságokat. Önálló haderőt szerveztek és jövőjüket a nagyszerb állam részeként képzelték el. Milosevics szerb elnök, aki Jugoszlávia védelmezőjének mutatta magát, a szerb lakosságú horvát és boszniai területek megszerzéséért kész volt a jugoszláv hadsereg bevetésére is. Belgrád arra törekedett, hogy a határmenti szerb települések elfoglalásával olyan összefüggő területet hozzon létre, amit aztán Boszniával együtt Szerbiához csatolnak. Az új taktika szerint a helyi nacionalisták kiprovokálták a horvát támadást, majd a rend helyreállítása és a szerb kisebbség védelme ürügyén bevonult a jugoszláv hadsereg.

A provokációk 1991 júliusában egyre sűrűbbé váltak. Vasúti síneket aknáztak alá, lezárták az utakat. Augusztusban már országszerte folytak a harcok. A szerbeket nyíltan támogatták a JNH egységei. Jelentős erőt képviseltek a Szerbiából érkezett nacionalista szabadcsapatok, Vojiszlav Seselj vajda csetnikjei, valamint az Arkan vezette Szerb Önkéntes Gárda, ismertebb nevén a „Tigrisek” is. Ezeket a paramilitáris alakulatokat Milosevics utasítására fegyverezték fel, parancsaikat Belgrádból kapták. A legnagyobb küzdelem Szerbia és Horvátország határán, a Mohácstól csupán 90 kilométerre lévő Vukovar körzetében bontakozott ki a horvátok és a helyi szerbek között. Hamarosan megérkezett a jugoszláv hadsereg, körbevette Vukovart és megkezdte az ostromot.

Vukovar

A horvátok stratégiailag fontosnak tartották a város védelmét, mert annak eleste megnyitotta volna az utat az ország szíve felé. A szerbek túlerőben voltak, az ágyúk és tankok naponta átlagosan 8-9 ezer gránátot lőttek ki a városra. A védők mégis három hónapig tartották magukat. Vukovar 1991. november 18-án esett el. A lakosság elmenekült, a bevonuló jugoszláv hadsereg és a szerb szabadcsapatok kirabolták a várost. A kórházból elhurcolták a sérülteket. Több mint 200 sebesült horvát katonát és civilt egy közeli farmon végeztek ki. (A mészárlásért 2010-ben Borisz Tadics szerb elnök a helyszínen kért bocsánatot.) Az ostrom alatt a szerb szabadcsapatok számtalan környező faluban követtek el atrocitásokat. A horvát lakosokat szisztematikusan elűzték.

Vukovar

Eközben a szerbek a dalmát tengerpartot is el akarták szakítani Horvátországtól. Knin környékén a jugoszláv csapatokat a később Srebrenicában hírhedtté vált Ratko Mladics ezredes irányította. Az offenzíva ugyan nem sikerült, de a szeparatisták, valamint a jugoszláv hadsereg és a flotta ágyúkkal lőtte, repülőkkel bombázta Dubrovikot, Splitet és Zadart. Szeptemberben a horvátok országszerte elfoglalták a JNH fegyverraktárait. Több száz páncélost és ágyút, valamint rengeteg géppisztolyt és lőszert zsákmányoltak. Hadseregük jelentősen megerősödött, az addigi védekezés után hamarosan kisebb támadásokat indított. A harcok során számtalan háborús bűncselekmény történt, az etnikai tisztogatás mindkét fél részéről általános gyakorlattá vált.

A háború hat hónapja alatt a szerb szakadárok és a jugoszláv csapatok Horvátország 30 százalékát vonták ellenőrzésük alá. Miután célját elérte, Milosevics az elfoglalt területek megtartására koncentrált. Nemzetközi tárgyalások eredményeként a felek 14 tűzszünetet kötöttek, majd rúgtak fel. Végül, 1991 decemberében a harcok leálltak és ENSZ békefenntartó csapatok érkeztek. A független Horvátországot elsőként Németország, majd a többi állam is elismerte. A három Szerb Autonóm Kerület (krajinai, kelet- és nyugat-szlavóniai) 1992 februárjában egyesült. Ezzel horvát területen megszületett a Krajinai Szerb Köztársaság. A horvát függetlenségi háború első szakaszában mintegy 20 ezren haltak meg. Az áldozatok majdnem fele civil volt. 200 ezer horvát, valamint több tízezer szerb és bosnyák menekült elvesztette otthonát. Ez azonban még csak fegyverszünet volt és nem béke.