A második jugoszláv polgárháború szinte észrevétlenül kezdődött. Az első lövések 1990-ben, Horvátországban dördültek el, de sokáig úgy tűnt, hogy csak elszigetelt incidensekre került sor.

A nacionalista Franjo Tudjman 1990 áprilisában nyerte meg az első szabad horvát választásokat. Az új vezetés hamarosan több provokatív döntést hozott. A horvát zászlón lévő jugoszláv csillagot a régi vörös-fehér sakktáblás szimbólumra cserélték. Ezt azonban utoljára Pavelics usztasái használták. Megváltoztatták az alkotmányt. Az új szöveg a horvátországi szerbeket a korábbi államalkotó kisebbség helyett, már csak nemzeti kisebbségnek nevezte. 1991 elején megkezdődött eltávolításuk a rendőrségből, az oktatásból és az állami közszolgálatból.

Horvátországban 600 ezer szerb élt. Ők alkották a lakosság 12 százalékát. Az új kormány lépései kiváltották az egykori Bosznia és Horvátország közötti határőrvidéken, az ún. Krajinában élő szerb kisebbség felháborodását. Sokan közülük féltették személyes biztonságukat és korábbi társadalmi státuszukat. A helyi szélsőségeseket Szlobodan Milosevics támogatta Belgrádból. A krajinai szeparatizmus központja Knin lett. A kisváros már a második világháborúban is csetnik erősség volt. A radikálisok 1990-től egyre inkább úgy viselkedtek, mintha nem is Horvátországban, hanem egy önálló államban élnének. Saját etnikai pártot alapítottak. A szerb származású rendőrök nem voltak hajlandók viselni az új horvát címert. 1990 augusztusában népszavazást tartottak az autonómiáról. Amikor a hatóságok ezt meg akarták akadályozni, Belgrád sugallatára farönkökkel zárták le az utakat. Zágráb erre helikoptereken küldött rendőröket Kninbe, de a gépeket földre kényszerítette a jugoszláv légierő.

Az év végén megalakult a Krajinai Szerb Autonóm Kerület. 1991 márciusában a helyi szerbek népszavazáson úgy döntöttek, hogy elszakadnak Horvátországtól, de továbbra is Jugoszláviához tartoznak. Megkezdődött a horvát hatóságok szisztematikus kiűzése. Szerb fegyveresek rendőrőrsöket támadtak meg. Megszállták a plitvicei nemzeti parkot és elkergették az alkalmazottakat. Amikor horvát rendőrök érkeztek a helyszínre lövöldözés alakult ki, amelyben mindkét fél egy-egy embert veszített. Valószínűleg ők voltak a jugoszláv polgárháború első áldozatai. A rendet végül a jugoszláv hadsereg állította helyre, ironikus módon egy horvát ezredes vezetésével. Horvátország keleti részén egyre több szerb közösség jelezte, hogy csatlakozni kíván a Krajinához. Útblokádokat építettek, beszüntették az adófizetést, önálló postát és katonaságot szerveztek.

Milan Martics knini szerb rendőrfőnök, a Szerb Krajinai köztársaság harmadik

elnöke szerb katonák körében.

Tekintettel a fenyegető helyzetre, Tudjman 1991 áprilisában létrehozta a horvát hadsereg elődjét, a Nemzeti Gárdát. Miután az Egyesült Államoktól nem kaptak, a szomszédos Magyarországtól kértek géppisztolyokat. Budapestről nemsokára meg is indultak a Kalasnyikovokkal teli teherautók. A jugoszláv titkosszolgálat azonban tudomást szerzett az ügyről, amiből nemzetközi botrány kerekedett. A fegyvercsempészet viszont nem állt le, a horvátok autók csomagtartóiban hoztak fegyvereket az országba.

Martin Spegelj horvát védelmi miniszter 1991-ben fegyvereket próbál szerezni Horvátország részére.

Később kiderült, hogy az egyik üzletelőfele valójában a jugoszláv kémelhárításnak dolgozik.

A tárgyalást videóra vették

Május elején a szerb fegyveresek számos helyen rátámadtak a horvát rendőrökre. Az összecsapásokban több tucat ember halt meg. A május 19-én Horvátországban népszavazást tartottak, amelyen a szavazók 93 százaléka voksolt a függetlenségére. Az eseményt a szerb kisebbség a legtöbb helyen bojkottálta. 1991. június 25-én Horvátország és Szlovénia kikiáltotta a függetlenséget. Válaszul a szerbek ugyanazon a napon létrehoztak egy másik független miniállamot, a Kelet-Szlavóniai Szerb Autonóm Kerületet. Augusztusban mindez Nyugat-Szlavóniában ismétlődött meg. Végül 1992 februárjában a különböző szerb autonóm területek egyesültek. 17 ezer négyzetkilométeres területen, félmillió lakossal létrejött a Krajinai Szerb Köztársaság. A főváros Knin lett, az elnöki székbe a későbbi háborús bűnös, Goran Hadzsics ült.